Основными задачами управления являются:

1. обеспечение экономической и финансовой основы развития системы здравоохранения по оказанию и совершенствованию медицинской помощи, подготовке медицинских кадров, научным разработкам и исследованиям в области медицины;
2. перспективное и годовое планирование объема потребности в финансовых ресурсах по разделам «Здравоохранение», «Образование», «Наука», «Культура» и «Национальная оборона»;
3. анализ экономических показателей деятельности и финансирования системы здравоохранения;
4. координация работы по финансовому обеспечению целевых программ в области охраны здоровья населения и их экономическое обоснование;
5. обеспечение оптимального сочетания бюджетных и рыночных механизмов финансирования системы здравоохранения;
6. совершенствование экономических методов управления здравоохранением;
7. разработка мероприятий, стимулирующих рациональное использование финансовых и трудовых ресурсов в системе здравоохранения;
8. координация работы по всем вопросам, связанным с организацией, нормированием, оплатой труда и материальным стимулированием работников системы здравоохранения;
9. организация работы по совершенствованию форм и систем оплаты труда работников системы здравоохранения.

Управление в соответствии с основными задачами осуществляет следующие функции:

1. подготовка прогноза и проекта бюджета по системе Министерства (республиканскому и местным бюджетам) и иные сводные планово-финансовые материалы на годовую, среднесрочную и долгосрочную перспективу;
2. организация исполнения показателей государственного бюджета по финансированию системы здравоохранения, внесению изменений в объемы финансирования организаций республиканского подчинения в связи с изменением цен, тарифов и т.д.;
3. ведение постоянного анализа финансового положения, исполнения бюджетных смет распорядителей средств, использования плановых назначений по доходам и расходам по внебюджетным средствам;
4. разработка экономического обоснования и организация финансирования государственных программ в сфере здравоохранения;
5. разработка экономического обоснования норм и нормативов материально-технического, лекарственного, кадрового обеспечения, питания больных, мягкого инвентаря в государственных организациях здравоохранения;
6. организация изучения, обобщения и распространения отечественного и зарубежного опыта по экономическому развитию системы здравоохранения;
7. разработка и внесение предложений по повышению результативности системы финансирования здравоохранения, совершенствованию оплаты и материального стимулирования работников здравоохранения с целью обеспечения эффективного и справедливого распределения имеющихся ресурсов здравоохранения;
8. организация экономической учебы кадров;
9. проведение систематической работы по совершенствованию нормативов кадрового обеспечения, штатных нормативов организаций здравоохранения, контроль за правильностью составления штатных расписаний подчиненных организаций в соответствии с законодательством;
10. осуществление в установленном порядке пересмотра организационной структуры, штатных нормативов, типовых штатов, норм нагрузок, продолжительности рабочего времени, отпусков и других вопросов, связанных с организацией и нормированием труда в системе Министерства.
11. координация работы по совершенствованию организации, нормирования и оплаты труда работников организаций системы Министерства;
12. обобщение практики применения нормативных правовых актов в сфере экономики. Разрабатывает и вносит в установленном порядке предложения по совершенствованию законодательства;
13. проведение экономической экспертизы проектов нормативных правовых актов, подготовка к ним финансово-экономических обоснований;
14. разработка в пределах своей компетенции проектов нормативных и иных правовых актов;
15. участие в проведении комплексных ревизий финансово- хозяйственной деятельности по вопросам планирования расходов, оплаты труда, штатной дисциплины;
16. рассмотрение в установленном порядке обращений депутатов, государственных органов, общественных организаций, средств массовой информации и граждан по вопросам, отнесенным к компетенции управления.