• Управление контроля качества медицинской помощи
• Управление фармацевтической инспекции
• Отдел медицинских экспертиз
• Отдел обращений граждан и юридических лиц

• осуществление контроля за качеством медицинской помощи;

• организация обеспечения конституционных прав граждан на получение качественной медицинской экспертизы и реабилитации в государственных учреждениях, подчиненных Министерству, главным управлениям по здравоохранению областных исполнительных комитетов, комитету по здравоохранению Минского городского исполнительного комитета, ведомственных и негосударственных организациях здравоохранения, у индивидуальных предпринимателей и других организаций, которые наряду с основной деятельностью также осуществляют медицинскую, фармацевтическую деятельность в порядке, установленном законодательством;

• разработка и внесение предложений руководству Министерства по развитию и совершенствованию всех видов медицинской помощи и медицинской экспертизы населению по результатам проводимых контрольно-надзорных мероприятий;

• методологическое сопровождение функционирования системы управления качеством медицинской помощи;

• организация и внедрение системы оценки качества медицинской помощи и медицинской экспертизы;

• формирование и методическое обеспечение системы медицинской аккредитации организаций здравоохранения;

• организация и контроль за работой по рассмотрению обращений граждан и юридических лиц в структурных подразделениях Министерства;

• организация медицинского освидетельствования граждан.

Основными функциями главного управления являются:

• обеспечение организационно-методического руководства деятельности организаций здравоохранения и органов управления здравоохранением в сферах оценки качества оказания медицинской помощи, медицинской экспертизы и реабилитации, медицинской аккредитации организаций здравоохранения;

• разработка проектов нормативных правовых актов и иных документов по вопросам медицинской экспертизы и реабилитации, оценки и контроля за качеством медицинской помощи, медицинской аккредитации организаций здравоохранения, медицинского освидетельствования граждан;

• подготовка аналитических материалов по вопросам качества оказания медицинской помощи и медицинской экспертизы населению для их обсуждения на заседаниях коллегии Министерства, лечебно-контрольных советах, межведомственных мероприятиях;

• организация подготовки и проведение съездов, конференций, семинаров и иных мероприятий повышения квалификации руководящих работников и специалистов государственных организаций, органов здравоохранения, организаций здравоохранения по вопросам, отнесенных к компетенции Главного управления;

• подготовка аналитических материалов и предложений по вопросам контроля за качеством оказания медицинской помощи,  организации медицинской экспертизы и реабилитации для рассмотрения Администрацией Президента Республики Беларусь, Советом Министров Республики Беларусь, Национальным собранием Республики Беларусь и другими государственными органами;

• организация контрольно-надзорной деятельности в сфере контроля за качеством медицинской помощи, осуществление оценки качества медицинских экспертиз;

• организация и координация в пределах компетенции работы, направленной на улучшение деятельности организаций здравоохранения и органов управления здравоохранением в части разработки стандартов медицинской аккредитации, внедрения системы оценки качества оказания медицинской помощи и медицинской экспертизы, внесения предложений об изменении клинических протоколов и др.;

• организационно-методическое руководство деятельностью главных внештатных специалистов (по медицинской экспертизе, по экспертизе качества медицинской помощи, патологоанатома, по лабораторной диагностике, по физиотерапии, по профессиональной патологии, по спортивной медицине, по мануальной терапии, лечебной физкультуре и врачебному контролю, по медицинскому обеспечению службы гражданской авиации, специалиста по безопасности железнодорожного движения, по нетрадиционным методам лечения);

• развитие сотрудничества в области здравоохранения с Китайской Народной Республикой, в рамках Евразийского экономического союза, с Европейским бюро Всемирной Организации Здравоохранения и другими международными организациями по вопросам медицинской экспертизы и реабилитации, контроля качества медицинской помощи, медицинской аккредитации организаций здравоохранения;

• контроль за рассмотрением обращений граждан, в том числе индивидуальных предпринимателей, и юридических лиц в Министерстве по вопросам, отнесенным к компетенции Министерства.